安徽的獨立，從一開始就是「假獨立」。柏文蔚雖然是名義上的安徽討袁軍總司令，但軍隊實際上被師長鬍萬泰和民政長孫多森所控制。等到北洋軍的倪嗣沖部及張鎮芳部大兵壓境，安徽那些搞假獨立的人也就立刻撕下面紗，宣布擁袁。

丟掉了安徽，南京也就門戶大開。南京方面也因部分討袁軍反水而作戰失利，九月一日南京失守。

隨著北洋軍的節節勝利，袁系的陞官圖也緊跟其後。段芝貴仍兼第一軍軍長，升上將，實授江西宣撫使；張勳亦升上將，段芝貴的右司令王占元兼湖南護軍使。

上海方面因南京討袁軍失敗，亦功敗垂成。袁世凱命第四師師長楊善德為松江鎮守使，鄭汝成為上海鎮守使，海軍總長劉冠雄為福建都督。

廣東和四川兩地解決得是快又省力，七月二十七日袁派龍濟光、覲光兄弟為廣東正副鎮守使，八月三日龍濟光升上將繼任粵督，八月五日陳炯明出走。四川方面熊克武雖於八月九日宣告獨立，但為時只一月就被解職下野。

湖南獨立的局面，主要受湖北的壓迫。廣東獨立失敗后，使湘督譚延闓和湘軍師長趙恆惕更加孤掌難鳴。

八月十二日湖南為環境所迫取消獨立，九月十七日袁令湯薌銘率楚有等四艘淺水艦，在第三師曹錕部的配合下進駐岳州，袁政.府任命卅九混成旅旅長伍祥禎為岳州鎮守使。這樣一來，湖南便完全落入袁的掌握中。

袁繼續施行借刀殺人計，命黎元洪兼領湘督。黎當然不會中計，敬辭大命。袁乃請黎薦人自代，黎自然不會推薦與袁無關的人。他覺得湯薌銘是袁的死黨，又是湖北人，黎和湯的長兄湯化龍又是老朋友，因此順水推舟保薦了湯為湘督。

十月七日湯薌銘赴長沙晤譚延闓，十月二十四日袁發表人事命令，免譚，以湯繼任都督，王瑚繼任民政長，王未到任前以湯兼署。

並命譚延闓即日入京，同時令將師長趙恆惕解往北京聽候處分。袁的軍隊於十一月十五日入駐長沙。

黎元洪和譚延闓和趙恆惕的關係很好。譚延闓下野后，黎元洪打電報給袁世凱，極力為譚延闓開脫：「譚的獨立非出自願，乃系被迫，曾仰藥以求解脫，元洪敢力保其無他。」

譚延闓人品極佳，是個認真又有擔當之人，當然也有些書生意氣。見到黎為他解脫的電報，立即加以否認。

他發出一則通電，大意是說：黎副總統心存愛護，力為解免，難道我不知感激，可是我並未仰藥，亦未受迫。我為都督，發號施令俱自己為主，要治罪，一身甘當云云。

二次革命后，各省取消獨立，浮起一片罵孫、黃聲，但譚卻始終不罵。各都督多諉稱獨立時系被迫，或被冒名，譚則獨任其咎。

譚延闓（1880—1930），字組庵，號無畏、切齋，湖南茶陵人。與陳三立、譚嗣同並稱「湖湘三公子」；與陳三立、徐仁鑄、陶菊存並稱「維新四公子」。生於浙江杭州，民國時期著名政治家。

譚延闓曾經任兩廣督軍，三次出任湖南督軍、省長兼湘軍總司令，授上將軍銜，陸軍大元帥。曾任南京國民**主席、行政院院長。一九三零年九月二十二日，病逝於南京。去世后，民國**為其舉行國葬。譚延闓有「近代顏書大家」之稱，著述有《組庵詩集》等,其精於美食，為組庵湘菜創始人。

蔣介石和宋美齡結婚，譚延闓為介紹人。

北京陸軍部判譚四年有期徒刑，黎再出頭說項，乃於十二月十二日下令特赦，僅褫陸軍上將銜「以示薄懲」。

黎同時又代趙恆惕說情。趙亦因之免難，議處有期徒刑四年，褫奪少將銜。後趙獲蔡鍔力保，民國三年年九月十三日亦獲特赦。

袁世凱於七月二十三日發表命令撤銷孫中山籌辦全國鐵路全權。

孫是於民國元年九月九日受任籌辦全國鐵路，提倡修築鐵路二十萬里。可惜當時人們沒有遠見，以為修築二十萬里鐵路簡直是神話，於是大家以「孫大炮」嘲笑孫中山。

其實當時美國已有一百多萬里鐵路，中國比美國大，即使修築了二十五萬里根本算不得一回事。而國人竟大驚小怪如此，實在太淺見了。

孫中山慨然統一籌劃全國鐵路大計，第一步預定修築三大路線：第一條是由廣州經廣西、雲南接緬甸鐵路；第二條是由廣州經湖南、四川達西藏；第三條由揚子江口經江蘇、安徽、河南、陝西、甘肅、新疆以迄伊犁。

籌款方法主張借款，「如京奉、京漢、滬寧諸路辦法，其條件以不礙中國主權為範圍」。資本訂六十億元，里程二十萬里，期限十年。

計劃才告擬定，由於二次革命以及袁世凱撤銷孫中山鐵路籌辦全權，此一宏大計劃，乃隨孫之去而告流產。

七月月二十三日袁世凱同時發布命令，稱黃興、陳其美、柏文蔚為「叛徒」，責成馮國璋、張勳捉拿黃興到案，還發出捉拿賞格，捉到黃興的賞洋十萬，捉到陳其美的賞洋五萬。

上海、南京兩地的討袁軍相繼失敗后，八月二日孫中山乃乘德輪約克號離滬。本意擬去廣東，不料次日經馬尾，日本駐福州領事館武官多賀京之來告，「駐粵將領張義權、蘇慎初已與龍濟光勾結，接受袁世凱亂命」，恐不安全，孫中山乃決定改赴台灣。

行前召見隨行同志梅光培、李朗如，令梅、李兩人先至**，自己則偕胡漢民去台灣，並把隨身所帶全部款項六百元交梅、李備用。梅、李拒不肯受，胡漢民勸他們接受，大家黯然話別，分道而行。

孫中山偕胡漢民抵台後，張繼、馬君武亦隨後趕至。這時各地的討袁軍都相繼失敗，孫乃轉去日本。

不料袁世凱已要求日本拒絕孫上岸。幸得船長的掩護，以及國民黨在日本的負責之人丁懷瑾（石僧）的布置，日本友人萱野長知等的協助，才得在神戶秘密登岸。這時隨侍孫在神戶的是胡漢民和廖仲愷，丁懷瑾則往來東京、神戶各地，對外連絡。

九月六日北京總檢察廳秉袁世凱命下令通緝二次革命首要。以黃興、陳其美、鈕永建、何海鳴、岑春煊五人為寧滬倡亂首魁，其餘孫中山、張繼、李烈鈞、柏文蔚、譚人鳳、陳炯明亦在通緝之列。不久，黃興、陳其美、居正、戴傳賢、邵元沖、鄧鏗、田桐等亦先後亡命至日本。

民國二年的討袁之役（又稱為癸丑之役、贛寧之役、湖口之役和二次革命），可惜是曇花一現，它是民國成立后的第一次南北戰爭。這一次戰爭的結果使得北洋軍源源進入南方各省，除了廣西、貴州、雲南、四川省外，其他南方各省都成為了北洋軍及其附屬軍的征服地，袁家天下已囊括了全國十分之九。

至於桂、黔、滇、川四省為什麼沒有給北洋軍侵入，一來是這四省的都督都不是屬於國民黨系，二來是這四省地處偏遠，袁覺得鞭長莫及。由於地盤擴大，北洋軍既要鎮攝北方，又要佔領新奪到的南方各省，當然感到兵力不敷分配，於是乃大舉擴充，從此北洋軍的番號便越來越多了。

國民黨第二次革命失敗，對於中華民國的影響是極大的。因為袁世凱的勝利進一步膨脹了他獨裁稱帝的野心，使中華民國民主事業，遭受到了致命的打擊。

戰爭的最終結果是袁世凱所代表的軍政集團大獲全勝，國民黨在廣東、江西、安徽三省勢力也都被一一清除。「三藩」既除，其他省的大佬們也就噤若寒蟬，唯袁世凱是命了。

平定二次革命中，袁世凱很注意做反袁派的分化瓦解工作。他曾令梁士詒、曾彝進轉告討袁派說：「現在看透孫（中山）、黃（興）除搗亂外無本領。左又是搗亂，右又是搗亂，我受四萬萬人民付託之重，不能以四萬萬人之財產生命，聽人搗亂！自信政治軍事經驗，外交信用，不下於人。若彼等能力能代我，我亦未嘗不願，然今日誠未敢多讓。彼等若敢另行組織**，我即敢舉兵征伐之！國民黨誠非儘是莠人，然其莠者，吾力未嘗不能平之！」

梁士詒當袁世凱面囑曾彝進「以個人資格往告國民黨人」，袁世凱則擺手制止說：「就說是我袁慰亭說的，我當負責任。」

五月二十九日，在袁世凱的支持下，共和、民主及統一三黨合併組成進步黨，舉黎元洪為理事長，實際負責人是湯化龍、梁啟超。進步黨明確聲明擁護袁世凱和「宋教仁案」以法律解決。

各地進步黨的都督也緊隨其後，為袁世凱張目，連國民黨山西、陝西都督亦列名於攻詆黃興的通電。

在鎮壓「二次革命」的過程中，袁世凱反覆重申尊重國會和約法，這也就使得在北京的國民黨議員徒增合法鬥爭的信心。在「二次革命」中，僅有少數議員決然南下討袁，大部分仍坐在國會大廳里從容論道。

袁世凱一直安撫議會中的說，這場戰爭僅僅是要討伐黃興、李烈鈞等幾個叛亂分子，並非要消滅國民黨。。